Manuel Gutiérrez Aragón est né à Torrelavega (Province Cantabrique, Espagne) en 1942. Il fait des études universitaires de Philosophie et Lettres à Madrid et obtient en 1970 le diplôme de réalisateur de l'École Officielle de Cinématographie de Madrid. Il fait ses débuts en tant que réalisateur avec Habla mudita (1973, Prix de la Critique au Festival de Berlin). En 1974 et 1975 il écrit les scénarios de Las truchas de José Luis García Sanchez (Ours d'Or au Festival de Berlin), Furtivos de José Luis Borau (Concha de Oro au Festival de San Sebastián) et Las largas vacaciones del 36 de Jaime Camino.

Les films Camada negra (1977, Ours d'argent de la Meilleure mise en scène au Festival de Berlin), Somnambules (1977, Concha de Plata de la Meilleure mise en scène du Festival de San Sebastián) et El corazón del bosque (1978, élu meilleur film de l'année en Espagne) en feront le meilleur réalisateur de sa génération. Ce sont des œuvres où, dans des structures dont les racines plongent dans les contes pour enfants, il mêle habilement le politique et l'expérimental. Ses travaux les plus personnels, Maravillas (1980, Hugo d'Argent au Festival de Chicago) et Demonios en el jardín (1982, Grand Prix de la Critique Internationale au Festival de San Sebastián, Prix France 3 du Meilleur Film à la Quinzaine des Réalisateurs du Festival de Cannes) obtiennent également un grand succès auprès du public. Il y amène ces structures presque à la perfection, tout en ajoutant au mélange un sens de l'humour tendre et personnel.

Avec Feroz, nouvelle version de sa première œuvre (1984, sélectionné pour le Festival de Cannes dans la section "Un Certain Regard"), il change de registre dans le but d'atteindre un public plus nombreux. Son cinéma suit la même ligne tant avec La noche más hermosa qu'avec Malaventura (1988). Après ce film il envisage pour la première fois de porter à l'écran El Quijote de Cervantes. En 1991 il réalise El Quijote pour la télévision. Cette série de Television Española obtient le plus grand succès d'audience pour une série en Espagne et est récompensée par le Grand Prix du Festival de Cannes, ainsi que par le Prix Eurovision. Cette série a été achetée et diffusée sur les écrans des télévisions du monde entier.

Avec El rey del río (1995) il est au Festival de Berlin, et avec Cosas que dejé en La Habana (1997) il reçoit, entre autres prix, l'Epi d'Argent à la Seminci de Valladolid 1997, et le Villa de Madrid, lors de son Edition spéciale de 1998 consacrée à l'Amérique latine, comme Meilleur Film. Son avant dernier film Visionarios (2001) a été sélectionné pour le 49ème Festival International de Cinéma de San Sebastián. En 2004 il réalise La vida que te espera puis Una rosa de Francia en 2005. Son derrnier film Todos estamos invitados (2007) sera sous peu sur les écrans espagnols.

Élu le 26 juillet 1993 président de la Société Générale des Auteurs et Editeurs (SGAE), il occupe cette présidence jusqu'à 2001, date à laquelle il est nommé Président de la Fundación Autor. Depuis 2000 il est également Président de la Fédération Européenne des Réalisateurs Audiovisuels (FERA).