Un thème classique du cinéma espagnol, que de nombreux réalisateurs ont emprunté avec plus ou moins de succès (El viaje de Carol, La Lengua de las Mariposas, El Sur...). Une manière d'aborder de façon neutre (l'enfance n'est-elle pas synonyme d'innocence et d'ignorance ?) le conflit en insistant sur l'horreur et la barbarie de la guerre. Del Toro apporte sa touche personnelle à ce genre, en proposant une approche onirique et imagée de la lutte entre Républicains et Nationalistes.

L'action se déroule quelques années après la fin de la Guerre Civile dans une région isolée où quelques maquisards républicains résistent encore aux troupes franquistes. La mère d'Ofelia (Ariadna Gil) vient de se remarier avec le capitaine franquiste Vidal (Sergi López), qui est chargé de nettoyer la région. Enceinte, elle rejoint son nouveau mari au QG des forces de répression, une grande bâtisse perdue au milieu de la forêt pyrénéenne. Ofelia éprouve une grande peur à l'égard de son beau-père qui, un tant soit peu misogyne, ne lui adresse pas le moindre regard.

C'est dans cet univers à la fois hostile et merveilleux de montagne et de guerre qu'Ofelia va tenter de trouver une échappatoire aux peurs qui la tenaillent. Elle découvre, non loin de la bâtisse, un labyrinthe qui la conduit vers un étrange personnage : un faune dénommé Pan. Un être issu de la mythologie, le gardien des bergers et des troupeaux, dont les membres inférieurs sont ceux d'un bouc, tout comme les cornes qui ornent sa figure distinguée. Pan révèle à Ofelia qu'elle est la princesse disparue d'un royaume enchanté et que pour réouvrir les portes de ce monde en sommeil, elle doit accomplir trois épreuves. En parallèle, Le capitaine pourchasse les maquisards, et, quand il en capture un, utilise les méthodes les plus barbares pour les faire parler.

Le conte de fées d'Ofelia se mélange étrangement avec la réalité brutale qu'elle ressent. Le travail sur la lumière est à ce titre très important pour définir les sentiments contrastés que vit la jeune fille. Les différentes épreuves qu'elle affronte avec Pan nous font comprendre à quel point la frontière est ténue entre la fiction et la réalité, entre le rêve et le cauchemar. Lors de la seconde épreuve , elle doit récupérer une clé, sans toucher aux mets succulents gardés par le Pale Man, personnage surréaliste au visage effacé dont les yeux se situent au creux de ses paumes. Une représentation cinématographique du tableau de Goya,  Saturne dévorant ses enfants. On peut voir ici l'ambivalence entre un beau-père qui la nourrit et la protège mais qui représente également une menace.

Ivana Baquero, qui joue Ofelia, est très convaincante dans son rôle de jeune fille innocente qui cherche à s'échapper de la réalité que lui impose le monde des adultes. Il en va de même pour Doug Jones (Pan et le Pale Man), qui rend crédible l'univers onirique de la jeune fille. En revanche, Sergi López n'arrive pas à dépasser les stéréotypes du capitaine sadique et sanguinaire. L'histoire qui se noue entre la Garde civile et les maquisards est étonnante, dans le sens où l'on aboutit à un renversement historique et symbolique entre vainqueurs et vaincus.

L'histoire dans l'Histoire conforte notre approche contemporaine du rejet de la dictature franquiste. De nombreux réalisateurs espagnols des années 90 ont d'ailleurs dépeint la Guerre Civile en stigmatisant ou en ridiculisant certains aspects du régime franquiste. Une sorte de victoire et de revanche a posteriori. Guillermo del Toro y voit également un message d'opposition à la droitisation de notre société. « Le monde imaginaire, dit-il, nous donne la liberté qui contraste avec les préceptes des institutions qui veulent que nous obéissions de façon mécanique ». Un message d'espoir et de lutte donc qui a tout de même du mal à ressortir du Labyrinthe de Pan.